À la gare de Sannomiya le 21 septembre 1945, peu après la fin de la Seconde Guerre mondiale. Un garçon, Seita, meurt de faim. Plus tard dans la nuit, après avoir enlevé le corps de Seita, un concierge fouille dans ses affaires et trouve une boîte de bonbons qu’il jette dans un champ voisin. L’esprit de la sœur cadette de Seita, Setsuko, jaillit de l’étain et est rejoint par l’esprit de Seita ainsi qu’un nuage de lucioles. L’esprit de Seita commence alors à raconter leur histoire accompagnée d’un flashback prolongé des derniers mois de la Seconde Guerre mondiale.
